Les microbiotes : un puissant levier One Health/Une Seule Santé

Les microbiotes sont les communautés microbiennes qui accompagnent un hôte (humain, animal, plante, sol). Lorsque ces microbiotes vivent en symbiose avec leur hôte, celui-ci est en bonne santé. A l’inverse, la dysbiose intervient en cas de déséquilibre. Les interactions sont si fortes entre l’hôte et ses microbiotes qu’elles ont donné naissance à la notion d’holobionte, ensemble formé de l’hôte et de ses microbiotes. Chez les humains, certains experts parlent d’« homme augmenté de ses microbiotes » tellement ces derniers lui apportent des propriétés particulières, notamment en termes d’immunité ou de digestion. Les microbiomes sont les génomes des microbiotes.

Le groupe Lesaffre, acteur mondial majeur de la fermentation depuis 170 ans avec 11 000 collaborateurs et 3 milliards € de chiffre d’affaires, accueillait la conférence du 14 mai 2024 sur son nouveau campus situé en périphérie de Lille et principalement dédié à la recherche et au développement. Les activités du groupe s’inscrivent dans One Health en fournissant des solutions pour la santé des plantes et des sols avec Agrauxine (biostimulants, biocontrôle, bionutrition), la santé et le bien-être des animaux avec Phileo (probiotiques), la santé humaine avec Gnosis (actifs nutritionnels, probiotiques, levures nutritionnelles et fonctionnelles) et avec une gamme de solutions pour l’industrie agroalimentaire : Biospringer (ingrédients dérivés de levures), Fermentis (solutions de fermentation pour boissons fermentées telles que les bières, les vins et les spiritueux) et bien-sûr le cœur du métier de Lesaffre, à savoir les solutions de fermentation pour la panification. Aujourd’hui un pain sur trois est produit dans le monde à partir de produits Lesaffre.

Parmi les projets présentés lors de cette conférence, citons le métaprogramme de recherche d’INRAE Holoflux  qui porte sur les holobiontes et les flux microbiens chez les animaux (insectes ravageurs, animaux de rente), les végétaux (plantes, arbres) et les humains pour comprendre la stabilité des microbiotes et la transmission entre générations ; étudier l’effet des pratiques agricoles sur les flux microbiens et sur l’installation des microbiotes ; comprendre les interactions hôtes-microbiote-environnement pour maîtriser et piloter les flux microbiens afin d’identifier les leviers de performance et de durabilité (bioremédiation de sols pollués ou inoculation de semences par exemple).

Les liens entre le terroir et les microbiotes sont étudiés dans le cadre du projet d’INRAE TANDEM qui s’inscrit également dans le métaprogramme Holoflux, en se concentrant sur les flux microbiens des systèmes laitiers en production de fromages au lait cru. Ces travaux mettent en évidence le fait que les systèmes d’élevage contribuent à la structuration des communautés microbiennes dans les laits. Ces travaux font échos à ceux qui ont porté sur le fromage Comté, dont les caractéristiques proviennent de communautés microbiennes présentes dans les sols pâturés[1] par les vaches produisant le lait valorisé en Comté.

Les liens étroits entre microbiotes des sols, santés animale et végétale sont à la base du modèle de la société Biodiver.city dont les produits nutritifs innovants TerraWell® et OneHealth® sont respectivement bénéfiques à la santé des plantes et des animaux.

Pour sa part, la startup Gaïago a présenté son produit Nutrigeo®, solution prébiotique utilisable en agriculture biologique permettant de restaurer la fertilité des sols grâce à l’activation des champignons bénéfiques du sol, augmentant le taux de matière organique, le stockage de carbone dans les sols et leur productivité.

Autre exemple de startup innovante, Toopi organics produit un biostimulant en grandes cultures à base de bactérie cultivée sur l’urine humaine, dans une démarche d’économie circulaire et de réduction d’usage de la ressource.

A noter enfin le programme de recherche et d’innovation Ferments du Futur, conçu en partenariat public-privé et financé par France 2030, portant sur les ferments, les aliments fermentés et la biopréservation pour une alimentation durable et favorable à la santé.

Cette conférence a démontré que l’approche One Health ne se résumait pas aux zoonoses[2], aux maladies vectorielles[3] et à l’antibiorésistance. La place et le rôle des microbiotes sont également un bon point d’entrée pour illustrer les interdépendances entre santés humaine, animale et environnementale, et un levier pour améliorer tous les compartiments de la santé.

[1] Voir l’article scientifique (2021) Microbial transfers from permanent grassland ecosystems to milk in dairy farms in the Comté cheese area écrit par Chemidlin Prévost-Bouré, N., Karimi, B., Sadet-Bourgeteau, S. et al. (https://doi.org/10.1038/s41598-021-97373-6).

[2] Maladies transmissibles des animaux aux humains et inversement.

[3] Dont le pathogène est transmis par des insectes ou des arachnides tels que les moustiques, les tiques et les culicoïdes. Voir l’analyse d’Agridées Maladies vectorielles : menace pour l’équilibre One Health (11 avril 2024).